多数中国基金会还没有和公益组织界定清晰的角色分工，缺少优势互补，目前两者合作形势还未形成。
2012年5月6日，在2012年“芯世界”社会创新周上，由商务社会责任国际协会（BSR）发布的《中国民间公益组织和基金会合作与创新研究报告》（下称《报告》）得出以上结论。
基金会和民间公益组织的合作，被看做是“公益生态链”资源对接的必然趋势。基金会有资金资源，需要项目执行团队操作具体项目；民间公益组织有项目执行能力，但缺乏资金募集能力。但在中国，再造这一公益生态链面临重重挑战。
《报告》认为二者的合作存在五大障碍：
其一是缺少合作的资源和共同关注点。基金会中资助型基金会少，而民间组织能力强的也不多。公募基金会关注的领域，主要为扶贫、农村发展、劳工服 务等；而非公募基金会多在医疗卫生、社区发展；草根民间公益组织关注环境保护、老年人服务、法律维权和社会工作等领域。关注点的差异造成双方合作对接较 难，同时由于基金会在资源配置上受定向资金的限制，其关注的领域不是多数民间公益组织所擅长的。项目类型的倾向不同，导致双方不容易找到共同的兴趣点。
其次则是战略合作缺乏。双方的合作多停留在购买服务阶段，缺少战略合作意识。由于基金会的行政支出不得超过总支出的10%，基金会重项目资金支 持，轻组织管理费用。因而民间公益组织普遍面临的一个困境：很多基金会都不支持机构的行政运作费用和人员工资，为了生存，他们经常处于四处申请项目的状 态。而在伙伴关系上，平等合作意识缺位，往往表现为基金会强势而民间公益组织缺少话语权，这为双方带来很多沟通障碍。
三是话语体系的冲突。民间组织习惯于着眼具体的项目和近期，基金会看重结果和影响，双方感觉理解对方有困难。例如在初期合作时，民间公益组织抱 怨基金会要求太多，申请书和报告的模板常常让他们无所适从，基金会面临监督机制和公信力的压力，对民间组织申请书和报告的不规范和对约定项目更改的随意性 而头痛。
尽管“社会创新”已是公益界的热门词汇，但《报告》发现基金会和民间公益组织都缺少对创新的实质性投入。基金会缺少研发，对创新的试验和推广不足；一些民间公益组织把创新看成额外的负担，产生抵触情绪。
第五大障碍是双方的能力不足。在工作领域，民间公益组织对具体领域的政策和趋势信息较少，基金会对这些领域的社会问题在社区的具体需求表现缺乏 了解。此外，基金会在项目管理、效果评估以及财务和金融管理方面的专业技能不足，缺少本土化的经验；民间组织则在筹资、财务管理、人力资源方面有所欠缺。
在南都公益基金会理事长徐永光看来，解决资源对接问题，公募基金会必然需要转型。而官办基金会缺乏此种转型动力。通过政府系统使用资金，可获得 政府财力、人力资源的匹配。同时项目的政府背景和硬件导向，也深受捐赠企业青睐。与草根NGO合作成本高、风险大，“吃力不讨好”。南都公益基金会曾与 70多家草根NGO合作，但最后的专家评估结果却是“不及格”。
徐永光认为，强调公募基金会“去垄断化”，意味着政府部门要放弃千亿慈善资源的支配权；“去行政化”，则面临机构内在动力不足，外部压力不够的问题。
徐永光透露，当前已有70家民办公募基金会登上公益舞台。一些公募基金会已经开始了向资助型基金会的转型。
针对绝大多数的基金会仅针对项目进行资助、机构自身发展缺乏资源的问题，2010年，一项由英特尔发起、名为“芯世界”的公益创新奖项正式设立。获奖的优秀民间公益组织将获得10万元的奖金，用于机构自身的发展建设。
2012年，共有11家机构获得该奖项。英特尔中国首席责任官杨钟仁介绍，“芯世界”除了对优秀项目进行嘉奖、推广鼓励其模式，更期望以颁奖活动为载体，开展一系列公益活动和培训，促进机构间的交流、明晰机构的定位和管理思路。
《报告》认为，中国的公益界，需要站在催化公益的角度，去理解和推动创新合作，通过促进网络和联盟的建立、鼓励多元和创新的合作模式，来提升中国的公益投资价值。
