1、脐带血移植只适用于10岁以下儿童
目前它只适用于10岁以下的儿童移植的需要，因为脐带血的数量有限，每一个产妇的脐带血大概也就是50～80ml，根本不足以用于成人的治疗。到底有多大用途还是个未知数。
2.、脐带血移植只是辅助治疗方式
脐血自体移植治疗疾病是有前提的，比如对于遗传性疾病、产妇怀孕时患病都没有意义。现在脐带血应用临床更多的是作为一种辅助治疗手段，并不是根治许多恶性疾病的最有效手段。
3、自体移植脐带血尚无成功先例
利用异体脐带血移植是已经得到临床验证的医疗手段，但自体移植获得成功的，全世界尚无一例报道。试想，一个本身得了白血病、再生障碍性贫血或其他血液病的患者，他出生时储存的脐带血很可能也带有血液病的遗传因子，如果用自己的脐带血进行移植，以后复发可能性非常大。
4、脐带血存储成本较高
目前各种血液病加在一起需要做移植的在十万分之四到十万分之七左右，从概率上来讲是一个小概率或说是极小概率事件。而一般一份脐血处理成能够保存的干细胞，仅直接成本就要5000元，而标本储存在液氮里每年每份的成本为500～600元。储存脐血所需要的花费比较高。
对于患有先天基因缺陷的病人，即使保存了脐带血，他们的脐带血干细胞中也可能存在导致疾病的遗传基因，这种情况下脐带血也没有使用价值。
一名新生儿的脐带血一般为50到120毫升，其中有核细胞数量只够用在体重10公斤、约1岁以下的孩子身上。目前，还没有脐带血用在成人患者身上成功的案例，因为对于体重在40公斤以上的成年人来说，脐带血中的造血干细胞数量对于移植治疗疾病来说是不足的。这意味着，自体储存如果用于成年，用量可能出现不足，需要找公共库或其他方式求助。
5、脐带血暗藏污染风险
脐带血采集的是胎儿娩出断脐、胎盘和母体完全分离后，残留在胎盘和脐带中的血液;抽取时是在脐带结。
脐血采集是一个非常关键的程序，很多脐血都是在采集的时候受到污染的，因为胎盘和脐带经过产道的时候已经被细菌污染。然而，并不是所有医院都具备采集脐血的条件，因为有的医院产房里消毒条件较差。脐血一旦受污染就应该废弃。使用受细菌污染的脐血将直接威胁到脐血使用者的生命。
