“两岸关系和平发展协同创新中心”是厦门大学响应国家“2011计划”，充分整合校内学术资源，与复旦大学、中科院台湾研究所等单位协同海峡两岸兄弟院校、实务部门共同组建的。
孙亚夫认为成立“两岸关系和平发展协同创新中心”非常必要和重要，一流高校和一流研究机构强强联合的中心承担重大历史责任。他期望通过不断实践和不断创新，能培养出一批拔尖人才和标志性成果，更能为海峡两岸和平发展提供有可操作价值的好建议。
厦门大学校长朱崇实在揭牌仪式上致辞说，在当前两岸关系从和平发展开创期进入巩固深化期的重大历史转折阶段组建该协同创新中心，将通过跨部门、跨地区的协同实践，联手两岸研究机构和实务部门，共同研究解决两岸经济合作、社会连接、文教融合以及人民生活中出现的困难和问题，促进两岸关系更好地和平发展。
“两岸关系和平发展协同创新中心”组织架构、人员聘任、人才培养、科研管理和资源配置全面实行创新机制，以国家重大需求为导向，优化配置人财物资源，建立三个单位一体化学术资源共享平台，联合招生，跨校多导师联合培养，学分互认；创建“台湾学”硕、博二级学科，打造“台湾学”科学研究、人才培养和学科建设的国际品牌。
中心负责人、厦门大学台湾研究院院长刘国深介绍说，中心还将努力联手两岸一流研究机构和实务部门，共同研讨并落实在中国大系统下两个客观存在的子系统之间的“桥接”，为海峡两岸的和平发展创造更好的知识基础和情感基础。
