一、最好的方式就是母乳喂养。母乳喂养是一个有菌喂养的过程，因为乳房的乳管中含有正常的益生菌群，通过母乳喂养可以将正常菌群传给孩子，让孩子尽早建立肠道的正常菌群;对于不能母乳喂养的婴儿，最好选择富含低聚糖的配方。
二、食品多样化，注意富含膳食纤维的食物的摄入。如含麸子比较多的麦粉、粗粮、薯类、豆类、蔬菜和菜苗、水果、魔芋、海藻等植物性食品，这些食品富含可溶性的膳食纤维，有助于肠道益生菌的繁殖和发展、调节肠道菌群平衡。不要过多摄入动物性食品，因为这些食品不含有的膳食纤维和低聚糖，而且过多食用高蛋白的饮食可以促进肠道腐败菌的生长，产生一些有害物质。
三、正确使用抗生素，抗生素不但可以杀死致病菌，同时也是益生菌的杀手，尤其是广谱抗生素。滥用抗生素的结果就会杀死了益生菌、破坏了肠道菌群平衡，尤其是滥用抗生素会增强细菌耐药性，从而衍生“超级细菌”，使得患者无药可用，不可治疗。
四、减少不必要的医学检查手段。例如放射检查和治疗也会对肠道菌群平衡造成严重破坏。
五、注意个人饮食卫生，杜绝一切可能造成致病菌侵入的环节。
