2006年7月5日，中纪委会同有关部门，对反映上海市劳动和社会保障局违规运营社保基金问题进行调查。在调查中发现，时任中共中央政治局委员、上海市委书记的陈良宇涉嫌严重违纪。
2007年7月26日，陈良宇被正式逮捕，2008年4月11日一审认定陈良宇犯受贿罪和滥用职权罪，判处有期徒刑18年，没收个人财产人民币30万元。
根据检方的指控，陈良宇具体四项受贿分别为：其一，接受港商杨崧才五次行贿，共23万港元、10万元人民币。 其二，陈良宇同意妻子黄毅玲在邱长清任总经理的上海MWB互感器厂挂名，并不实际工作却获取薪酬。从1996年至2006年间，邱长清共支付黄毅玲“工资”43万余元人民币。 其三，陈良宇要求申花集团原董事长郁知非安排儿子陈维力在上海申花足球俱乐部挂名副总经理，不实际工作，却获取“薪酬”；同时，郁知非还为陈维力办理公司信用卡，供陈维力个人消费。以上两项总计35.2万元。（其中有10万元被公诉人指控为索贿，依据中国《刑法》，索贿属于从重情节）。为此，上海市财政支持申花集团4238万元。 其四，陈良宇同意上海新黄浦集团原总裁吴明烈为陈良宇的父亲陈更华换房。新换住房同旧房差价大约为93万余元。此外，陈良宇的家人还接受吴明烈的安排出国旅游，吴明烈用公款支出34.2万元。
此外，陈良宇本人的私生活也不检点。中央纪委的报告称，1991年初至2006年案发前，陈良宇利用职权玩弄女性，先后与两名女性长期保持不正当性关系，致其中一人三次怀孕，并要求对方做人工流产。在此期间，陈良宇又与其他多名女性发生不正当性关系。陈良宇还利用职权为这些女性及其家人安排工作、获取利益等提供帮助。
早在陈良宇主政上海时期，上海市住房保障和房屋管理局副局长陶校兴就在松江利用职权私下里建设一个“秘密度假别墅”，独由陈良宇专享。
据新民网了解，曾被媒体披露作为中纪委派驻上海社保案专案组驻地的马勒别墅“装修”近两年后，已经在2008年4月前后重新开门营业。
陈良宇被判刑后，2008年8月3日上午，作为陈良宇受贿案中的从犯，由于认罪态度较好，陈良宇之子陈维力被天津市二中院判处有期徒刑三年，缓刑四年。陈维力当庭表示，将不会上诉。
秦城监狱中的陈良宇
据了解，在秦城监狱，陈良宇被关押在一个接近20平方米的套间里。这是秦城监狱重要犯人的单间监室，内有单独的洗手间、坐式马桶等。牢门是铁皮包着的木门，门上方及厕所都有“窥孔”，供哨兵24小时监视之用。
陈良宇的房内设施只有一张距地面约一尺高的矮床，需要写材料时，看守会送进一张小学生用的单人课桌供临时使用。没有凳子，床铺就是他平日坐的地方。墙壁也经过特殊处理，以防止其自杀。
陈良宇的监室设有三道岗哨，有一个独立分队负责贴身看守他。除了没有自由，他可以看报纸，看内容受限的电视，还可读书、写材料。
服刑期间，陈良宇可以不着囚服。他多数时间还是穿西装，但不打领带。他平时可在有规律的生活中打发时间。比如，在每天9点到10点的单独放风时间，陈良宇一般会从监室门口开始打太极拳，打到放风地的门口再回去，或者散步。但他到哪儿，两名看守就跟到哪儿。
据陈良宇的辩护律师高子程透露，他曾于今年上半年随其家属探视过陈良宇。他说，63岁的陈良宇现在两鬓斑白，但精神状态比被“双规”时要好很多。
