笔者认为，通过民事诉讼解决婚姻登记瑕疵纠纷是最佳途径。
一、通过民事诉讼解决婚姻登记瑕疵纠纷不违反司法解释(三)的规定。对于婚姻登记瑕疵纠纷，司法解释(三)第一条只规定了“主张撤销结婚登记的”不能通过通过民事诉讼解决，其他的情形则不在其列。这就为民事诉讼解决婚姻登记纠纷预留了巨大空间，即解释虽然没有明确规定可以通过明民事诉讼程序解决，但不禁止通过民事诉讼程序解决婚姻瑕疵纠纷。事实上，司法解释也不能禁止或无权禁止通过民事诉讼程序解决婚姻瑕疵纠纷。
二、婚姻瑕疵纠纷不仅可以通过民事诉讼解决，而且缺其不可。
有些婚姻纠纷根本不涉及登记行为的违法与否，难以纳入行政诉讼管辖范围。行政诉讼审理的对象和内容主要是婚姻登记行为的合法与否，而在实践中，有些婚姻纠纷根本不涉及登记行为的违法与否，行政诉讼难以解决。这主要有：(1)涉及婚姻是否完成的纠纷。如登记后尚未领取结婚证，一方认为已经依法登记，婚姻成立;一方认为没有领证，婚姻不成立。对此，行政诉讼怎么处理?(2)涉及结婚证真假的纠纷。如涉嫌伪造结婚证引起的纠纷，一方认为是真结婚证，一方认为是假结婚证。这样的纠纷如果按行政诉讼处理，将婚姻登记机关作为被告，而最后查明结婚证是当事人伪造的，行政机关不是冤枉当被告吗?这样的纠纷怎么能够按行政诉讼处理?(3)涉及婚姻关系有无的纠纷。有些婚姻纠纷仅仅涉及当事人之间是否存在婚姻关系，或有无婚姻关系之争。如一方用真结婚证登记结婚，后来因就业等需要修改了身份证或户籍资料，一旦发生婚姻纠纷后，便否认与对方存在婚姻关系。这显然不能作为行政诉讼案件。(4)涉及事实婚姻是否成立或从何时成立的纠纷。事实婚姻是否成立以及何时成立，既涉及到婚姻性质的判断，也涉及到不同时期财产性质的认定。对此，行政诉讼怎么能够介入?
三、与行政诉讼相比，民事诉讼来解决婚姻登记纠纷有以下几点优点：
1、在民事诉讼中，可以适用身份法的特殊规则和法理处理婚姻关系。婚姻关系主要由身份法调整，身份法的有些特殊规则和法理，只能在民事诉讼中才有斟酌和适用的余地。2、在民事诉讼中，对于婚姻关系纠纷，可以适用类推民法总则或类推婚姻法，认定婚姻有效或无效。这些规则和原理，难以在行政诉讼中进行。3、在民法里，还有一个信赖保护原则，即对重婚的善意保护问题。而在行政诉讼中，这一原则则难以贯彻。
四、除了相对于行政诉讼的优势外，通过民事诉讼解决婚姻登记瑕疵纠纷还有以下优点：符合婚姻纠纷的性质和特点;可以在同一程序中，将各种婚姻诉讼和子女财产等附带之诉合并审理，“一网打尽”，避免当事人打数场官司;可以克服行政诉讼上所有缺陷;符合世界立法的共同规则。
综上所述，由于行政机关和行政诉讼不能解决或不能有效解决婚姻登记瑕疵纠纷，即使修改现行法律法规，也难以有效解决。而民事诉讼完全可以解决，而且高效便捷，并可以克服行政诉讼的各种弊端。因而，通过民事诉讼解决婚姻登记瑕疵纠纷是最佳选择。
