修正案草案拟将现行企业所得税法第九条修改为：“企业发生的公益性捐赠支出，在年度利润总额12%以内的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除；超过年度利润总额12%的部分，准予结转以后三年内在计算应纳税所得额时扣除。”
现行企业所得税法第九条规定：企业发生的公益性捐赠支出，在年度利润总额12%以内的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除。即对于超过年度利润总额12%的部分，不准当年在计算应纳税所得额时扣除，也没有规定可以结转以后年度扣除。
2016年3月通过的慈善法针对企业大额捐赠税前扣除比例问题作出了新的规定，即第八十条规定：企业慈善捐赠支出超过法律规定的准予在计算企业所得税应纳税所得额时当年扣除的部分，允许结转以后三年内在计算应纳税所得额时扣除。为与慈善法的规定相衔接，修正案草案作出上述修改。
全国人大财政经济委员会认为，修正案草案既实现了企业所得税法与慈善法相关规定的有效衔接，共同发挥鼓励企业慈善捐赠的制度目标；也体现了中共十八届三中全会关于“落实税收法定原则”、“税收优惠政策统一由专门税收法律法规规定”的要求，建议将草案提请审议。
同时，在财政经济委员会会议上，有的委员提出，对企业公益性捐赠支出超过年度利润12%的部分，在以后年度是否全部结转并扣除，还需要进一步研究明确。财政部提出，考虑税法与实施条例在内容和体例上的衔接，拟通过修改企业所得税法实施条例明确相关内容，即将企业所得税法实施条例第五十三条第一款修改为：“企业当年发生及以前年度结转的公益性捐赠支出，不超过年度利润总额12%的部分，准予扣除。”财政经济委员会认为，在实施条例中进行上述修改，符合立法原意。
